抗起球有机棉纱的生产过程中，是否允许使用化学助剂，这主要取决于相关的产品质量标准和法规要求。

国际标准：例如，全球有机纺织品标准（GOTS）对有机棉纱的生产有严格的规定。根据GOTS 5.4.1的规定，有机棉产品在生产过程中应避免使用化学助剂，除非这些助剂被明确列在GOTS允许使用的清单中。

国内标准：在中国，有机棉产品的生产也需符合国家标准GB/T 20944-2007《有机产品 有机棉》。该标准对有机棉的生产过程也有严格的要求，包括对化学助剂的使用。

总的来说，如果生产的是符合GOTS或GB/T 20944-2007等有机产品标准的抗起球有机棉纱，通常是不允许使用常规的化学助剂的。但如果使用的化学助剂经过严格的安全性评估，并且被相关有机产品标准所允许，那么在特定情况下是可以使用的。

因此，具体是否允许使用化学助剂，需要根据产品的目标市场、适用的标准以及化学助剂的具体类型来决定。在开发抗起球有机棉纱时，建议与专业的纺织品测试机构合作，确保产品符合所有相关标准的要求。